Aspek molekuler respon tanaman terhadap patogen adalah PR protein (Pathogenesis- Related Protein). Bermacam macam enzym pada PR protein yang dididuse patogen melalui banyak perantara (agen). Infeksi pada tanaman melalui berbagai jenis pathogen umumnya dari jamur, bakteri, virus dan viroid. Bentuk dari PR protei yang dihasilkan antara lain PR1 protein, β-1,3 -Glukanases, chitinases, PR-4 proteins, thaumatin-like (TL)protein family, β-1,3- Glukanasesdan Chitanase asam Intraseluler PR PROTEIN, Cysteine-Rich PR Proteins, Glycine riceProteins, Wun 1, wun 2, win 1, dan win2, Gene-Induced PR Proteins, Proteinase Inhibitors, Proteinases, Chitosanases, Peroxidases,, 1.3;1-4 –β- Glukanases. Melalui pengamatan molekuler bentuk tersebut di masa mendatang dapat dilakukan deteksi dan karakterisasi gennya secara spesifik sehingga dapat dimanfaatkan pada perkembangan tanaman transgenic